問題はscopeだった。

　GoogleアカウントのカレンダーのloginすべきスコープとAppsアカウントのカレンダーのloginすべきスコープは異なることが原因だった。
　Googleアカウントはhttpで、Appsアカウントはhttpsであることが必須。要は以下のようにスペース区切りで指定すれば良いということだった。calendar以外のサービスを利用する場合も同様にスペース区切りで追加していけば良さげ。

    // :
    var scope = 'http://www.google.com/calendar/feeds/ ' +
                'https://www.google.com/calendar/feeds/';
    if (!google.accounts.user.checkLogin(scope)) {
        var domain = prompt("ドメインを指定：", "");
        if (domain == null || domain == "") {
            google.accounts.user.login(scope);
        } else {
            google.accounts.user.login(scope, {"hd": domain});
        }
    } else {
        // :
    }
    // :

　こちらの情報(AuthSubにハマる｜コンテンツデベロッパーなブログ)が無ければAppsは未対応と決めつけて諦めていたかも。助かりました。