まだまだリソース参照系に問題があるみたい。JSTLのtldが読めてない様子。それとscript中の、Packages.org.xxxx が「orgがundefined」というエラーになる。最初rhinoの仕様変更かとも思ったがGAEではなくRun jetty Runで実行するとエラーにならないので、どうもそちらもクラスリソースの参照辺りかも。 （←どうもそうくさい。GAEのconfigの影響を受けていなかったから地雷を踏まなかっただけで）
追記
java.lang.xxx でも、「langがundefined」に。どっちも最初の識別子はあるので、hasかget辺りか...
追記
GAEじゃなくローカルtomcatでも再現した。js.jar js-engine.jarに置き換えた影響のようだ。改修版mayaaでもそうでなくても発生した。もしくはAPIが変わって拡張する方法が変わり、mayaaでやっている方法では駄目になったとかかも。
ちなみにjava -jar js.jar でシェルから触る分にはPackages.xxxもjava.xxxも効いている。もしかして別途ビルトインの機能になっているとか（loadなんかと同じように。）
追記
JSTLのtldが読めてない…は、新設したApplicationResourceSourceDescriptorに問題があったからだった。クラスパス内やWEB-INF/配下、resource-filesに記述したもの以外が、アクセス例外になるだけなのに、secure.webならすべて無いものとしたのが悪かった。そちらは適切に修正して問題をクリアした。
