他にハマったことのまとめ

• /Library/StartupItemsへの登録はアウト。こちらのRunScriptsAtStartupを使わせてもらうとOS起動時にキックされるにはされるが、ウィンドウ情報がないので、サーバーに幅／高さがゼロの情報で通信し続けてしまう。
• ログアウトするとやはり座標情報がおかしくなるようで、Mac側にマウスとキーボードが入っていると全く効かなくなってしまう。Mac側のキーボードでsynergycをkillしない限り復旧しない。
• LogoutHookを使って、ログアウト時にsynergycをとっておいたpidでkillするスクリプトを用意・登録したが、起動されない。何が悪いのか究明できていない。参考にしたのはこちら。