無関係なリソース(classesなども)があるだけで親ディレクトリに、更新マーク（発信アイコン）がついてしまうのをignore指定せずに解決するには、設定のSVNのラベル-一般で、「深いフォルダの発信状態を計算」というチェックを外せば良いようです。 ただこれ…

チェックアウト先のワークスペースが指定できるようになったようです。

0.9.37から0.9.105にアップデートしてみました。しかし、管理外のファイル（？マークがつくファイル）の存在するフォルダが更新を示す※が付くようになっちゃいました。うーむ考え方の違いだなぁ。設定で切り替えられないかなぁ。