無関係なリソース(classesなども)があるだけで親ディレクトリに、更新マーク（発信アイコン）がついてしまうのをignore指定せずに解決するには、設定のSVNのラベル-一般で、「深いフォルダの発信状態を計算」というチェックを外せば良いようです。 ただこれ…